El futuro lejano: la humanidad estableció la ciudad fuerte móvil, Plantation, sobre el páramo en ruinas. Dentro de la ciudad había cuarteles piloto, Mistilteinn, también conocido como “Birdcage.” Ahí es donde viven los niños... Su única misión en la vida era la lucha. Sus enemigos son los misteriosos organismos gigantes conocidos como Kyoryu. Los niños operan robots conocidos como FRANXX para enfrentarse a estos enemigos aún invisibles. Entre ellos se encontraba un niño al que una vez llamaron niño prodigio: Código número 016, Hiro. Un día, una misteriosa chica llamada Zero Two aparece frente a Hiro. “Te encontré, mi querida.”